يتكون الإتحاد من التشكيلات التالية:
أولاً: المجلس المركزي :
ينتخب أعضاء المؤتمر العام في كل دورة إنتخابية بالإقتراع السري من بين أعضائه واحداًوثلاثين عضواً أصلياً للمجلس المركزي وسبعة أعضاء إحتياط لإدارة شؤون الإتحاد، وتنفيذ النظام الداخلي ومقررات المؤتمر، حيث يضع المجلس المركزي الخطة الإستراتيجية لعمل الإتحاد وفروعه، ومتابعة شؤونها.
ثانياً: المكتب التنفيذي
ينتخب المجلس المركزي من بين أعضائه رئيساً ونائباً للرئيس، وأمناء لكل من ( الإدارة، المالية، الإفتاء والبحوث الإسلامية، والعلاقات، والتنظيم، والإعلام، وأميناً لمتابعة شؤون الفروع)، ويشكلُ الجميع المكتب التنفيذي للإتحاد، ويقومون بالواجبات التي توكل إليهم باعتباره الجهة التنفيذية للخطة الإسترتيجية التي يرسمها المجلس المركزي .
ثالثاً: الرئيس
الرئيس هو رئيس الإتحاد بشكل عام، ويمثل الإتحاد على النطاق المركزي أمام الهيئات القضائية والإدارية والدوائر الرسمية وشبه الرسمية والجهات الأهلية،ويقوم بمتابعة تنفيذ قرارات المؤتمر العام والمكتب التنفيذي والمجلس المركزي .
رابعاً: الفروع
نصّت المادة السادسة عشرة من النظام الداخلي على تشكيل فروعٍ للإتحاد في المحافظات والأقضية الكبيرة من أجل تحقيق أهداف الإتحاد في خدمة الاسلام والمسلمين وعلماء الدين حسب النطاق الجغرافي لكل فرع .

